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Sommerpraktikum 2020

Im Juni haben Noah und Sohia bei uns im Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee ein Praktikum gemacht. Hier ist ihr Bericht der ersten Tage:

Woche 1:
Zu Beginn gab es erst mal eine kleine Einführung in die Laborregeln und in die Sicherheits- und Corona-Bestimmungen. Danach durften wir zum ersten Mal zwei große Kolben, mit Stämmen für Biomassegewinnung, animpfen. Nach einer Pause fingen wir an DNA-Proben aus verschiedenen Lagerbehältern zu suchen. Am folgenden Tag verbrachten wir viel Zeit damit, spezielle Medien für die phänotypische Bestimmungen, von 9H-EGSE und 15D-MOB zu machen. Dazu mussten wir auch rechnen(!). Das Resultat war PERFEKTES Salzagar, NO3-Agar und vieles mehr. Den Mittwoch haben wir sofort die frisch autoklavierten Medien in Angriff genommen. Um den Agar wieder flüssig zu machen, benutzten wir die Mikrowelle. Nachdem wir die verflüssigten Medien in den Trockenschrank gestellt haben, um diese abzukühlen, haben wir 3 Liter neues NSY-Flüssigmedium zusammengemischt und in Kolben aufgeteilt. Später haben wir uns auf das Institutsboot begeben, um aus dem See Proben zu holen. Nach einer kurzen und knackigen Einführung in das Ökosystem des Mondsees, haben wir die wichtigen Werte, wie pH, Temperatur, Leitfähigkeit und Sauerstoffsättigung zu den Proben ermittelt. Den Tag darauf haben wir die frischen Proben bearbeitet, Biomasse geerntet und neu angesetzt.
Woche 2:
Zum Beginn der neuen Woche, war Dr. Hahn mit uns auf einer Probennahme zum Löckermoor und auch hier wurden wichtige Werte, wie pH, usw.… gemessen und aufgeschrieben. Danach wurden die Proben im Labor in Wells gefüllt, wo die Bakterien im Laufe der Woche an das sehr nährstoffreiche NSY-Medium gewöhnt werden sollen. Die Platten der Vorwoche wurden untersuchten wir auf rote bis orange-rote Kolonien, ausgewählte Kolonien wurden in Wells übertragen. Der nächste Tag bestand vorerst nur aus alltägliche Laborarbeiten, während wir am Mittwoch wieder damit beschäftigt waren, Wells zu füttern und weitere interessante Kolonien von den Platten in Wells zu übertragen. Donnerstags haben wir angefangen DNA, mithilfe eines Kits zu isolieren. Das hat einen ganzen Vormittag gedauert, der Großteil des Ablaufs war nur Zentrifugieren, abpipettieren usw. Abgeschlossen haben wir die Woche, mit dem Übertragen der schon angewachsenen Kulturen aus den Moor-Wells, auf Platten und dem Überführen neuer Kolonien von den Platten in Wells. Natürlich haben wir das Ganze auch noch dokumentiert. Die ersten 10 Tage haben uns prima gefallen und wir freuen uns schon auf die Kommenden. Einen Tipp, den wir an alle geben könne die auch ein Praktikum machen wollen ist: Geht zeitig ins Bett, man braucht viel Konzentration ;).

5. Artbeschreibung erschienen

Unsere 5. Artbeschreibung ist nun erschienen:

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (2020) Aquirufa e sp. nov. and sp. nov., isolated from a small creek and classification of as a later heterotypic synonym of

Aus dem Artikel:

We are grateful to Carina Schiel for taking and handling the water sample from the Kirchstaettbach. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs, and Oliver Millgrammer for their assistance with characterizing the strains. We thank Eva Schnitzlbaumer, Carina Schiel, Gerhild Bach, Valentina Gruber, Lena Roider, Lena Beitscheck, and Sarah Jelovčan for creating the species names, Johanna Poettler for organizational support and Bernhard Schink for advice concerning the nomenclature.

Ganz herzlichen Dank an Carina Schiel für die tolle Wasserprobe aus dem Kirchstättbach! Carina, du musstest lange darauf warten, aber jetzt sind die zwei aus deiner Probe isolierten Bakterienstämme als Arten beschrieben. Ganz besonders freut uns, dass Dank der Namensgeberin Eva Schnitzlbaumer das Bundesrealgymnasium (BRG) Seekirchen im Namen Aquirufa bregesia verewigt ist.

4. Publikation erschienen

Unsere 4. wissenschaftliche Veröffentlichung ist online erschienen:

Vielen Dank an Dilara vom BRG Seekirchen für die tolle Wasserprobe!

Acknowledgements: We are grateful to Dilara Yildirim for taking and handling the ‘WASEF’ water sample. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs, Oliver Millgrammer, Sarah Fleissner, Anna Charusa, Caroline Gschaider, Ingrid Lugstein, and Hannah Gustafson for their contributions to the characterization and naming, respectively. We thank Bernhard Schink for advice concerning the genus and species names and the nomenclature.

3. Publikation erschienen

Unser dritter wissenschaftlicher Artikel ist erschienen:

Alexandra Pitt, Ulrike Koll, Johanna Schmidt, Martin W. Hahn Fluviispira multicolorata gen. nov., sp. nov. and Silvanigrella paludirubra sp. nov., isolated from freshwater habitats. Int J Syst Evol Microbiol 2020 (online first)

Er ist frei verfügbar und kann hier heruntergeladen werden.
Der als Fluviispira multicolorata beschriebene Stamm stammt aus einer Wasserprobe aus dem Zufluss der Salzach durch Puch, die Tamina Busse vom BG Nonntal mitgebracht hatte. Alle beteiligten Schüler/innen sind in der Danksagung erwähnt:

Acknowledgements: We are grateful to Tamina Busse for taking and handling the water sample from which strain 33A1-SZDPT was isolated and Eva Schnizlbaumer for creating the taxonomic names for this strain. We are also grateful to Sabrina Pitt for taking the water sample, isolation and naming of strain SP-Ram-0.45-NSY-1T. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs and Oliver Millgrammer for their contributions to the characterizations of the strains. We thank Jannik Pitt for editing the pictures. Special thanks to Bernhard Schink for advice concerning the genus and species names and the nomenclature.

 

Abschlussveranstaltung

Am 19.12.2019 fand die Projektabschlussveranstaltung am Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee statt. Gekommen waren Schüler/innen des BORG Nonntal, des Herz-Jesu-Gymnasiums und des BRG Seekirchen mit ihren Lehrer/innen. Zunächst gab es einen Rückblick auf das, was wir gemeinsam im Projekt geleistet haben. 125 Schüler/innen haben teilgenommen und haben 95 Proben aus Gewässern wie Seen, Bäche und Teich, aber auch aus Wasserbiotopen wie Pfützen, Wassertonnen und Gießkannen gesammelt. Damit wurden im Klassenzimmer 485 Agarplatten beimpft. Das Projektteam hatte daraus im Labor 446 Flüssigkulturen angelegt, von denen 80 ausgewählt wurden, die als Reinkulturen isoliert wurden. Von 44 dieser Bakterienstämme haben wir das gesamte Genom sequenzieren lassen. 20 davon wurden als besonders interessant befunden, weiter untersucht und bei Stammsammlungen in Japan, Belgien, Frankreich und Deutschland deponiert. Dies ist eine der Vorraussetzungen für eine wissenschaftliche Beschreibung und stellt sicher, dass jeder Wissenschaftler, der mit den Bakterien arbeiten will, diese bestellen kann. Aufgrund dieser Ergebnisse hat das Projektteam 10 wissenschaftliche Artikel geplant. Davon sind 4 bereits in einer internationalen Zeitschrift erschienen. Für jede Klasse gab es einen Fotorückblick über die Aktivitäten der letzten zwei Jahre. Nachdem sich alle am Buffet gestärkt hatten, war noch noch ein kleines Quiz zu lösen und jeder konnte eine kleine Erinnerung an das Projekt und die Universität Innsbruck mit nach Hause nehmen.

Das Projektteam hätten am Anfang nicht gedacht, dass sich das Projekt so erfolgreich entwickeln wird. Deshalb nochmal einen großen Dank an alle, die mitgemacht haben! Danke fürs Probensammeln, Probenbearbeiten, Arbeiten im Labor und Kreieren von Artnamen! Und ein ganz besonderer Dank an die beteiligten Lehrer/innen, ohne deren Mithilfe das Projekt nicht möglich gewesen wäre!

2. Publikation erschienen

Unser zweiter wissenschaftlicher Artikel ist erschienen:
sp. nov., a bacterium with 1.4 Mbp genome size isolated from freshwater habitats located in Salzburg, Austria Int J Syst Evol Microbio 2019;69:3946–3954
Er ist frei verfügbar und kann hier heruntergeladen werden.
Die Bakterienstämme, die wir in der Beschreibung verwendet haben, stammen aus Wasserproben von Schülerinnen des BORG Nonntal und einem Lehrer vom BG Nonntal. An den Charakterisierungen haben die Praktikant/innen vom Sommer 2018 mitgearbeitet, allen hier nochmal herzlichen Dank. Alle Beteiligten sind in der Danksagung erwähnt:
Acknowledgements_Rhodoluna

Praktikum Sommer 2019 Experiment

Unsere beiden Praktikantinnen Sophia und Ingrid haben während ihrer Zeit bei uns versucht, dem Geheimnis auf die Spur zu kommen, wo sich in unserer Umgebung Bakterien unserer Gattung Aquirufa verbergen. Dazu haben sie aus 16 Gewässern Proben genommen. Diese wurden  wie damals in der Schule filtriert und auf Agarplatten ausgestrichen, diesmal allerdings unter einer sterilen Werkbank. Unter den vielen erhaltenen Kolonien haben sie dann die ausgewählt, die dem Rot unserer Aquirufa am meisten ähneln und haben sie in mit einem Zahnstocher (sterilisierten 🙂 ) in eine Nährlösung übertragen. Von dort haben sie vielversprechende Kulturen wieder auf Agarplatten ausgestrichen. Von den fast 100 erhaltenen Flüssigkulturen haben sie mit Ulli zusammen PCR gemacht, das heißt die Erbsubstanz wurde vervielfältigt und dann gleich zum Sequenzieren weggeschickt. Wir hatten Glück und am Anfang ihrer letzten Woche kamen tatsächlich die 92 Sequenzen per email zu uns. Erstmal war es für sie etwas überrraschend, dass diese Sequenzen, von denen immer alle reden 🙂 ,  wirklich nur aus einer Aneinandereihung von vier Buchstaben bestehen. In ihrem Fall waren das ca. 800 der insgesamt 3 Millionen, die die Aquirufas ungefähr besitzen. Sophia und Ingrid machten sich sofort ans bearbeiten, das heißt überprüften die Qualität und verglichen die Sequenzen mit denen aus Datenbanken. Das war eine ganz schöne Arbeit, aber die beiden haben das wirklich gut gemacht. Am Ende der Analysen stand fest, sie hatten 16 Aquirufa Stämme erhalten. 9 davon haben wir ausgewählt, die werden wir im Labor aufreinigen und zum Schluss schauen, ob neue Arten dabei sind. Als Nebenprodukt hatten die zwei noch andere interessante Bakterien entdeckt, aber das ist wieder ein anderes Kapitel 🙂

Wir waren tasächlich auch sehr überrascht, dass das so gut funktioniert hat. Die beiden konnten unter den wahrscheinlich hunderten von Bakterienarten, die auf den Agarplatten gewachsen waren, viele Aquirufas aufgrund ihrer charakteristischen Farbe herausfischen. Bestätigt hat sich ausserdem unsere Vermutung, dass es sich um sehr weit verbreitete typische Gewässerbakterien handelt. Inzwischen interessieren sich übringens nicht nur Koreaner dafür, noch stärkere Konkurrenz haben wir jetzt aus Taiwan 🙂 , aber das ist wieder ein neues Kapitel, fast ein ganzes Buch 😉 , darüber wird im Herbst berichtet, wenn wir mehr wissen.
Während Sophia und Ingrid bei uns im Labor waren, hatten wir Besuch von zwei Gastwissenschaftlern aus Japan, die auch mit Bakterien arbeiten. Die zwei waren über die Tatsache, dass zwei sechzehnjährige Schülerinnen im Labor arbeiten und Bakterien isolieren sehr erstaunt. Sie haben während ihres Aufenthaltes mehrmals davon geredet und immer wieder nachgefragt, ob wir wirklich mit Schüler/innen neue Bakterienarten beschreiben 😉 .

 

Praktikum Sommer 2019: 2.Woche

Montag
Die zweite Woche begann wieder um 8:30 montags. Nach einem kurzen Plausch mit Ulli und Johanna machten wir uns an die Arbeit. Die am Donnerstag und Freitag angelegten Platten zeigten schon eine wunderschöne Farbpracht. Die die keine auffälligen Bakterienkulturen auf sich hatten wurden aussortiert und in eine Liste eingetragen. Daraufhin hielten wir die Montagsbesprechung.
Dienstag
In der Früh begannen wir Medium zu machen, eine Nährflüssigkeit für die Bakterien. Das dauerte seine Zeit denn man muss dabei auch den ph-Wert einstellen, mit Hilfe von Säure und Base. Neben dem Medium machten wir auch Agar für die Agarplatten, was nicht weiteres als Medium mit AgarAgar (Algengeliermittel) ist. Praktikum_2019_1Nachdem wir alles fertig gemacht, in Flaschen und Erlmeierkolben verpackt und zugestöpselt haben, machten wir einen kurzen Abstecher zu Martin und erfuhren einiges über die sogenannte Sequenzierung. Nach ca. einer halben Stunde Verwirrung und einer plötzlichen Erkenntnis machten wir uns auf zu unserer Mittagspause. Am Nachmittag durften wir dann Alleine Medium brauen und verpacken. Zuletzt räumten wir noch den Autoklaven ein.
Mittwoch
In der Früh räumten wir den Autoklaven mit dem Medium und den Trockenschrank aus und den Geschirrspüler ein. Das Ganze musste dann im Labor eingeräumt werden und wir sahen uns die Platten nochmal an. Nach einer kleinen Erweiterung unserer Liste schufen wir am Laptop Tabellen für die Aquirufa-Well-Platten. Nachmittags machten wir mit Ulli noch eine PCR und überimpften unsere Bakterien.
Donnerstag
Da die Cleanbench in unserem gewohnten Labor ausgefallen war mussten wir im Nachbarlabor an unseren Aquirufas arbeiten. Wir suchten verdächtig aussehende Bakterienkolonien auf unseren Platten und übertrugen sie in Wellplatten, das alles wurde ganz genau in unsere Tabellen eingetragen. Vor der Mittagspause besprachen wir mit Martin unseren Probesammlungs-Ausflug. Am Nachmittag durften wir wieder bei der Jungen Uni Aquarien befüllen und erfuhren interessante Details zur Fischhaltung, was zu beachten ist und auch viel zur Ökologie unterschiedlicher Fische.
Das sind wir bei der Probenahme, so schön kann Arbeit sein 🙂 Sophia & Ingrid

Praktikum Sommer 2019: 1.Woche

Bericht von Sophia und Ingrid

Montag
Morgens um 8:20 begann unser erster Tag im Institut. Gespannt und voller Vorfreude durften wir die Einrichtung kennenlernen. Und Alexandra stellte uns dabei einigen Beschäftigten vor. Daraufhin wurden wir einer Einweisung unterzogen, bei der wir auf unseren künftigen Arbeitsplatz vorbereitet wurden.
Nachdem wir mit unserer Praxisanleiterin, Ulli, Bekanntschaft gemacht haben durften wir schon anfangen zu arbeiten. Wir lernten über den Autoklaven, die Spülmaschine und den Trockenschrank mit denen wir die Gerätschaften reinigen durften.
Um 10 Uhr wurde uns auch erlaubt an der Besprechung teilzunehmen und wurden von Alexandra mit einem Kuchen verköstigt. In der Mittagspause lernten wir Johanna, die zweite Laborantin in Dr. Hahns Labor, richtig kennen.
Nach der kurzen Essenspause wurde uns einiges im Labor erklärt, wie die Sterilwerkbank und einige der unzähligen Zentrifugen. Wir haben auch gelernt wie man ausstreicht und überimpft. Hierbei durften wir aber erstmals nur zusehen, da wir vermutlich die ganze Sterilbank in Flammen gesetzt hätten. „Aber ein Meister fällt nicht gleich vom Himmel“, so tasteten wir uns Schritt für Schritt an sie Arbeit heran.
Dienstag
Nun nicht mehr so aufgeregt durften wir wieder die Gerätschaften reinigen und einige Proben überimpfen. Vier dieser überimpften Proben wurden in unsere Obhut gestellt, wobei wir darauf achten sollen das diese nicht umkommen. Außerdem extrahierten wir von 12 Proben mithelfen eines Kits die DNA.
Nachmittags wurde uns die Kunst des Agarplatten-gießens beigebracht. Die heißen Flaschen bereiteten uns einige Schwierigkeiten.
Mittwoch
Nachdem wir die Agarplatten wieder verpackt und weggeräumt haben, machten wir mit Ulli die sogenannte PCR, eine Methode um DNA-Abschnitte zu vervielfältigen. Hierbei benutzen wir wieder die Proben vom Dienstag. Das hat etwas Zeit gebraucht, aber danach wurden wir wieder fürs Abspülen eingeteilt.
Nachmittags durfte Sophia bei dem Projekt, Junge Uni, mithelfen. Neun Kinder wurden in das Leben am Ufer eines Sees eingeführt. Neben Mikroskopieren von gezüchteten Wasserflöhen, wurden auch frische Proben aus dem Mondsee bearbeitet. Hier durfte jedes Kind Mal das Wassersieb mal auswerfen und alle waren begeistert dabei.
Donnerstag
Am Donnerstag fuhren wir mit Alexandra früh los um neue Wasserproben aus der Umgebung zu hohlen. Nach vier Stunden, die mit fahren, Probensammeln und Messdaten aufschreiben gefüllt waren, kamen wir wieder im Institut an, wo wir, nach einer kurzen Mittagspause, die Proben ausplattierten.

Freitag
Am Freitag plattierten wir noch drei weitere Proben aus, spülten ab und überimpften unsere Kulturen. Danach übertrugen wir die Messdaten vom Vortag in eine Exceltabelle und schrieben diesen Bericht, wofür uns der Institutsleiter jeweils einen Computerzugang gab.