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Neue Publikation erschienen

Unser zweiter wissenschaftlicher Artikel ist erschienen:
sp. nov., a bacterium with 1.4 Mbp genome size isolated from freshwater habitats located in Salzburg, Austria (Pitt et al., Int J Syst Evol Microbio, online 19.09.2019)
Er ist frei verfügbar und kann hier heruntergeladen werden.
Die Bakterienstämme, die wir in der Beschreibung verwendet haben, stammen aus Wasserproben von Schülerinnen des BORG Nonntal und einem Lehrer vom BG Nonntal. An den Charakterisierungen haben die Praktikant/innen vom Sommer 2018 mitgearbeitet, allen hier nochmal herzlichen Dank. Alle Beteiligten sind in der Danksagung erwähnt:
Acknowledgements_Rhodoluna

Praktikum Sommer 2019 Experiment

Unsere beiden Praktikantinnen Sophia und Ingrid haben während ihrer Zeit bei uns versucht, dem Geheimnis auf die Spur zu kommen, wo sich in unserer Umgebung Bakterien unserer Gattung Aquirufa verbergen. Dazu haben sie aus 16 Gewässern Proben genommen. Diese wurden  wie damals in der Schule filtriert und auf Agarplatten ausgestrichen, diesmal allerdings unter einer sterilen Werkbank. Unter den vielen erhaltenen Kolonien haben sie dann die ausgewählt, die dem Rot unserer Aquirufa am meisten ähneln und haben sie in mit einem Zahnstocher (sterilisierten 🙂 ) in eine Nährlösung übertragen. Von dort haben sie vielversprechende Kulturen wieder auf Agarplatten ausgestrichen. Von den fast 100 erhaltenen Flüssigkulturen haben sie mit Ulli zusammen PCR gemacht, das heißt die Erbsubstanz wurde vervielfältigt und dann gleich zum Sequenzieren weggeschickt. Wir hatten Glück und am Anfang ihrer letzten Woche kamen tatsächlich die 92 Sequenzen per email zu uns. Erstmal war es für sie etwas überrraschend, dass diese Sequenzen, von denen immer alle reden 🙂 ,  wirklich nur aus einer Aneinandereihung von vier Buchstaben bestehen. In ihrem Fall waren das ca. 800 der insgesamt 3 Millionen, die die Aquirufas ungefähr besitzen. Sophia und Ingrid machten sich sofort ans bearbeiten, das heißt überprüften die Qualität und verglichen die Sequenzen mit denen aus Datenbanken. Das war eine ganz schöne Arbeit, aber die beiden haben das wirklich gut gemacht. Am Ende der Analysen stand fest, sie hatten 16 Aquirufa Stämme erhalten. 9 davon haben wir ausgewählt, die werden wir im Labor aufreinigen und zum Schluss schauen, ob neue Arten dabei sind. Als Nebenprodukt hatten die zwei noch andere interessante Bakterien entdeckt, aber das ist wieder ein anderes Kapitel 🙂

Wir waren tasächlich auch sehr überrascht, dass das so gut funktioniert hat. Die beiden konnten unter den wahrscheinlich hunderten von Bakterienarten, die auf den Agarplatten gewachsen waren, viele Aquirufas aufgrund ihrer charakteristischen Farbe herausfischen. Bestätigt hat sich ausserdem unsere Vermutung, dass es sich um sehr weit verbreitete typische Gewässerbakterien handelt. Inzwischen interessieren sich übringens nicht nur Koreaner dafür, noch stärkere Konkurrenz haben wir jetzt aus Taiwan 🙂 , aber das ist wieder ein neues Kapitel, fast ein ganzes Buch 😉 , darüber wird im Herbst berichtet, wenn wir mehr wissen.
Während Sophia und Ingrid bei uns im Labor waren, hatten wir Besuch von zwei Gastwissenschaftlern aus Japan, die auch mit Bakterien arbeiten. Die zwei waren über die Tatsache, dass zwei sechzehnjährige Schülerinnen im Labor arbeiten und Bakterien isolieren sehr erstaunt. Sie haben während ihres Aufenthaltes mehrmals davon geredet und immer wieder nachgefragt, ob wir wirklich mit Schüler/innen neue Bakterienarten beschreiben 😉 .

 

Praktikum Sommer 2019: 2.Woche

Montag
Die zweite Woche begann wieder um 8:30 montags. Nach einem kurzen Plausch mit Ulli und Johanna machten wir uns an die Arbeit. Die am Donnerstag und Freitag angelegten Platten zeigten schon eine wunderschöne Farbpracht. Die die keine auffälligen Bakterienkulturen auf sich hatten wurden aussortiert und in eine Liste eingetragen. Daraufhin hielten wir die Montagsbesprechung.
Dienstag
In der Früh begannen wir Medium zu machen, eine Nährflüssigkeit für die Bakterien. Das dauerte seine Zeit denn man muss dabei auch den ph-Wert einstellen, mit Hilfe von Säure und Base. Neben dem Medium machten wir auch Agar für die Agarplatten, was nicht weiteres als Medium mit AgarAgar (Algengeliermittel) ist. Praktikum_2019_1Nachdem wir alles fertig gemacht, in Flaschen und Erlmeierkolben verpackt und zugestöpselt haben, machten wir einen kurzen Abstecher zu Martin und erfuhren einiges über die sogenannte Sequenzierung. Nach ca. einer halben Stunde Verwirrung und einer plötzlichen Erkenntnis machten wir uns auf zu unserer Mittagspause. Am Nachmittag durften wir dann Alleine Medium brauen und verpacken. Zuletzt räumten wir noch den Autoklaven ein.
Mittwoch
In der Früh räumten wir den Autoklaven mit dem Medium und den Trockenschrank aus und den Geschirrspüler ein. Das Ganze musste dann im Labor eingeräumt werden und wir sahen uns die Platten nochmal an. Nach einer kleinen Erweiterung unserer Liste schufen wir am Laptop Tabellen für die Aquirufa-Well-Platten. Nachmittags machten wir mit Ulli noch eine PCR und überimpften unsere Bakterien.
Donnerstag
Da die Cleanbench in unserem gewohnten Labor ausgefallen war mussten wir im Nachbarlabor an unseren Aquirufas arbeiten. Wir suchten verdächtig aussehende Bakterienkolonien auf unseren Platten und übertrugen sie in Wellplatten, das alles wurde ganz genau in unsere Tabellen eingetragen. Vor der Mittagspause besprachen wir mit Martin unseren Probesammlungs-Ausflug. Am Nachmittag durften wir wieder bei der Jungen Uni Aquarien befüllen und erfuhren interessante Details zur Fischhaltung, was zu beachten ist und auch viel zur Ökologie unterschiedlicher Fische.
Das sind wir bei der Probenahme, so schön kann Arbeit sein 🙂 Sophia & Ingrid

Praktikum Sommer 2019: 1.Woche

Bericht von Sophia und Ingrid

Montag
Morgens um 8:20 begann unser erster Tag im Institut. Gespannt und voller Vorfreude durften wir die Einrichtung kennenlernen. Und Alexandra stellte uns dabei einigen Beschäftigten vor. Daraufhin wurden wir einer Einweisung unterzogen, bei der wir auf unseren künftigen Arbeitsplatz vorbereitet wurden.
Nachdem wir mit unserer Praxisanleiterin, Ulli, Bekanntschaft gemacht haben durften wir schon anfangen zu arbeiten. Wir lernten über den Autoklaven, die Spülmaschine und den Trockenschrank mit denen wir die Gerätschaften reinigen durften.
Um 10 Uhr wurde uns auch erlaubt an der Besprechung teilzunehmen und wurden von Alexandra mit einem Kuchen verköstigt. In der Mittagspause lernten wir Johanna, die zweite Laborantin in Dr. Hahns Labor, richtig kennen.
Nach der kurzen Essenspause wurde uns einiges im Labor erklärt, wie die Sterilwerkbank und einige der unzähligen Zentrifugen. Wir haben auch gelernt wie man ausstreicht und überimpft. Hierbei durften wir aber erstmals nur zusehen, da wir vermutlich die ganze Sterilbank in Flammen gesetzt hätten. „Aber ein Meister fällt nicht gleich vom Himmel“, so tasteten wir uns Schritt für Schritt an sie Arbeit heran.
Dienstag
Nun nicht mehr so aufgeregt durften wir wieder die Gerätschaften reinigen und einige Proben überimpfen. Vier dieser überimpften Proben wurden in unsere Obhut gestellt, wobei wir darauf achten sollen das diese nicht umkommen. Außerdem extrahierten wir von 12 Proben mithelfen eines Kits die DNA.
Nachmittags wurde uns die Kunst des Agarplatten-gießens beigebracht. Die heißen Flaschen bereiteten uns einige Schwierigkeiten.
Mittwoch
Nachdem wir die Agarplatten wieder verpackt und weggeräumt haben, machten wir mit Ulli die sogenannte PCR, eine Methode um DNA-Abschnitte zu vervielfältigen. Hierbei benutzen wir wieder die Proben vom Dienstag. Das hat etwas Zeit gebraucht, aber danach wurden wir wieder fürs Abspülen eingeteilt.
Nachmittags durfte Sophia bei dem Projekt, Junge Uni, mithelfen. Neun Kinder wurden in das Leben am Ufer eines Sees eingeführt. Neben Mikroskopieren von gezüchteten Wasserflöhen, wurden auch frische Proben aus dem Mondsee bearbeitet. Hier durfte jedes Kind Mal das Wassersieb mal auswerfen und alle waren begeistert dabei.
Donnerstag
Am Donnerstag fuhren wir mit Alexandra früh los um neue Wasserproben aus der Umgebung zu hohlen. Nach vier Stunden, die mit fahren, Probensammeln und Messdaten aufschreiben gefüllt waren, kamen wir wieder im Institut an, wo wir, nach einer kurzen Mittagspause, die Proben ausplattierten.

Freitag
Am Freitag plattierten wir noch drei weitere Proben aus, spülten ab und überimpften unsere Kulturen. Danach übertrugen wir die Messdaten vom Vortag in eine Exceltabelle und schrieben diesen Bericht, wofür uns der Institutsleiter jeweils einen Computerzugang gab.

Publikation erschienen :-)

Unsere erste Publikation, eine Beschreibung einer neuen Gattung und dazugehörigen Arten ist online erschienen:
Aquirufa antheringensis gen. nov., sp. nov. and Aquirufa nivalisilvae sp. nov., representing a new genus of widespread freshwater bacteria (Pitt et al., Int J Syst Evol Microbio, online 01.07.2019)
Es haben Schülerinnen und Schüler des BRG Seekirchen, des BORG Oberndorf und des BG Nonntal mitgewirkt. Alle sind in der Danksagung erwähnt, auch an dieser Stelle nochmal herzlichen Dank!

Acknowledgements_Aquirufa
aus: https://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.003554

Der Artikel ist frei verfügbar und kann hier heruntergeladen werden: Link zum Artikel