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1. Woche Praktikum 2021

Unser erster Arbeitstag begann mit einer Führung durch das Gebäude und der Einführung in die Laborregeln. Danach durften wir Nährmedium herstellen und es zum autoklavieren vorbereiten. Am Dienstag fuhren wir zum Großen Egelsee um dort Proben zu nehmen. Bei der Heimfahrt nahmen wir auch noch von einem kleinen Tümpel und einem Bach im Wald eine Probe. Wir ermittelten den pH-Wert, die Leitfähigkeit und die Temperaturen der Proben und legten Platten an um später, die darauf wachsenden Kulturen untersuchen zu können. Am Mittwoch suchten wir auf Google Maps die genauen Koordinaten der Probennahmen, um diese dokumentieren zu können. Außerdem gossen wir, aus dem am Vortag gekochten Medium, Platten. Am Donnerstag bereiteten wir das Medium selbstständig zu und auch alltägliche Aufgaben wie Spülen wurden von uns erledigt.

Auf diesen Fotos könnt ihr sehen wie wir die, selbstgegossenen Agarplatten, an der Clean Bench verpacken.                  

              

Auf diesen Fotos könnt ihr sehen wie wir selbst Nährmedium herstellten.

The bold and the beautiful

Unter dem Titel Prokaryotic names: the bold and the beautiful (FEMS Microbiology Letters, Volume 367, Issue 17, September 2020, fnaa096, https://doi.org/10.1093/femsle/fnaa096) ist ein Artikel von Aharon Oren erschienen. Darin werden besondere Artnamen für Bakterien gewürdigt. Eine Überrraschung für uns war, dass darin der von den Schülerinnen Eva Schnitzlbaumer, Carina Schiel, Gerhild Bach, Valentina Gruber, Lena Roider, Lena Beitscheck and Sarah Jelovcan vom Bundesrealgymnasium Seekirchen kreierte Artname Aquirufa nivalisilvae als besonders schön und interessant hevorgehoben wird. Das hat uns sehr gefreut und wir gratulieren den jungen Forscherinnen ganz herzlich dazu 🙂

6. Artbeschreibung erschienen

Unsere 6. wissenschaftliche Beschreibung diesmal einer neuen Bakteriengattung und Art ist erschienen:

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (2021) Aquiluna borgnonia gen. nov., sp. nov., a member of a Microbacteriaceae lineage of freshwater bacteria with small genome sizes. Int J Syst Evol Microbiol 71:004825 Hier gehts zum Artikel

Aus der Danksagung:

We thank Maximilian Moser for taking and handling the water sample. We also thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs and Oliver Millgrammer for their contributions to the characterization of the strain.

Um das große Engagment der Klasse und ihrer Lehrer vom Bundesoberstufenrealgymnasium (BORG) Nonntal zu würdigen, haben wir die neue Art nach der Schule, nämlich Aquiluna borgnonia benannt.

Sommerpraktikum 2020

Im Juni haben Noah und Sohia bei uns im Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee ein Praktikum gemacht. Hier ist ihr Bericht der ersten Tage:

Woche 1:
Zu Beginn gab es erst mal eine kleine Einführung in die Laborregeln und in die Sicherheits- und Corona-Bestimmungen. Danach durften wir zum ersten Mal zwei große Kolben, mit Stämmen für Biomassegewinnung, animpfen. Nach einer Pause fingen wir an DNA-Proben aus verschiedenen Lagerbehältern zu suchen. Am folgenden Tag verbrachten wir viel Zeit damit, spezielle Medien für die phänotypische Bestimmungen, von 9H-EGSE und 15D-MOB zu machen. Dazu mussten wir auch rechnen(!). Das Resultat war PERFEKTES Salzagar, NO3-Agar und vieles mehr. Den Mittwoch haben wir sofort die frisch autoklavierten Medien in Angriff genommen. Um den Agar wieder flüssig zu machen, benutzten wir die Mikrowelle. Nachdem wir die verflüssigten Medien in den Trockenschrank gestellt haben, um diese abzukühlen, haben wir 3 Liter neues NSY-Flüssigmedium zusammengemischt und in Kolben aufgeteilt. Später haben wir uns auf das Institutsboot begeben, um aus dem See Proben zu holen. Nach einer kurzen und knackigen Einführung in das Ökosystem des Mondsees, haben wir die wichtigen Werte, wie pH, Temperatur, Leitfähigkeit und Sauerstoffsättigung zu den Proben ermittelt. Den Tag darauf haben wir die frischen Proben bearbeitet, Biomasse geerntet und neu angesetzt.
Woche 2:
Zum Beginn der neuen Woche, war Dr. Hahn mit uns auf einer Probennahme zum Löckermoor und auch hier wurden wichtige Werte, wie pH, usw.… gemessen und aufgeschrieben. Danach wurden die Proben im Labor in Wells gefüllt, wo die Bakterien im Laufe der Woche an das sehr nährstoffreiche NSY-Medium gewöhnt werden sollen. Die Platten der Vorwoche wurden untersuchten wir auf rote bis orange-rote Kolonien, ausgewählte Kolonien wurden in Wells übertragen. Der nächste Tag bestand vorerst nur aus alltägliche Laborarbeiten, während wir am Mittwoch wieder damit beschäftigt waren, Wells zu füttern und weitere interessante Kolonien von den Platten in Wells zu übertragen. Donnerstags haben wir angefangen DNA, mithilfe eines Kits zu isolieren. Das hat einen ganzen Vormittag gedauert, der Großteil des Ablaufs war nur Zentrifugieren, abpipettieren usw. Abgeschlossen haben wir die Woche, mit dem Übertragen der schon angewachsenen Kulturen aus den Moor-Wells, auf Platten und dem Überführen neuer Kolonien von den Platten in Wells. Natürlich haben wir das Ganze auch noch dokumentiert. Die ersten 10 Tage haben uns prima gefallen und wir freuen uns schon auf die Kommenden. Einen Tipp, den wir an alle geben könne die auch ein Praktikum machen wollen ist: Geht zeitig ins Bett, man braucht viel Konzentration ;).

5. Artbeschreibung erschienen

Unsere 5. Artbeschreibung ist nun erschienen:

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (2020) Aquirufa e sp. nov. and sp. nov., isolated from a small creek and classification of as a later heterotypic synonym of

Aus dem Artikel:

We are grateful to Carina Schiel for taking and handling the water sample from the Kirchstaettbach. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs, and Oliver Millgrammer for their assistance with characterizing the strains. We thank Eva Schnitzlbaumer, Carina Schiel, Gerhild Bach, Valentina Gruber, Lena Roider, Lena Beitscheck, and Sarah Jelovčan for creating the species names, Johanna Poettler for organizational support and Bernhard Schink for advice concerning the nomenclature.

Ganz herzlichen Dank an Carina Schiel für die tolle Wasserprobe aus dem Kirchstättbach! Carina, du musstest lange darauf warten, aber jetzt sind die zwei aus deiner Probe isolierten Bakterienstämme als Arten beschrieben. Ganz besonders freut uns, dass Dank der Namensgeberin Eva Schnitzlbaumer das Bundesrealgymnasium (BRG) Seekirchen im Namen Aquirufa beregesia verewigt ist.

4. Publikation erschienen

Unsere 4. wissenschaftliche Veröffentlichung ist online erschienen:

Vielen Dank an Dilara vom BRG Seekirchen für die tolle Wasserprobe!

Acknowledgements: We are grateful to Dilara Yildirim for taking and handling the ‘WASEF’ water sample. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs, Oliver Millgrammer, Sarah Fleissner, Anna Charusa, Caroline Gschaider, Ingrid Lugstein, and Hannah Gustafson for their contributions to the characterization and naming, respectively. We thank Bernhard Schink for advice concerning the genus and species names and the nomenclature.

3. Publikation erschienen

Unser dritter wissenschaftlicher Artikel ist erschienen:

Alexandra Pitt, Ulrike Koll, Johanna Schmidt, Martin W. Hahn Fluviispira multicolorata gen. nov., sp. nov. and Silvanigrella paludirubra sp. nov., isolated from freshwater habitats. Int J Syst Evol Microbiol 2020 (online first)

Er ist frei verfügbar und kann hier heruntergeladen werden.
Der als Fluviispira multicolorata beschriebene Stamm stammt aus einer Wasserprobe aus dem Zufluss der Salzach durch Puch, die Tamina Busse vom BG Nonntal mitgebracht hatte. Alle beteiligten Schüler/innen sind in der Danksagung erwähnt:

Acknowledgements: We are grateful to Tamina Busse for taking and handling the water sample from which strain 33A1-SZDPT was isolated and Eva Schnizlbaumer for creating the taxonomic names for this strain. We are also grateful to Sabrina Pitt for taking the water sample, isolation and naming of strain SP-Ram-0.45-NSY-1T. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs and Oliver Millgrammer for their contributions to the characterizations of the strains. We thank Jannik Pitt for editing the pictures. Special thanks to Bernhard Schink for advice concerning the genus and species names and the nomenclature.

 

Abschlussveranstaltung

Am 19.12.2019 fand die Projektabschlussveranstaltung am Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee statt. Gekommen waren Schüler/innen des BORG Nonntal, des Herz-Jesu-Gymnasiums und des BRG Seekirchen mit ihren Lehrer/innen. Zunächst gab es einen Rückblick auf das, was wir gemeinsam im Projekt geleistet haben. 125 Schüler/innen haben teilgenommen und haben 95 Proben aus Gewässern wie Seen, Bäche und Teich, aber auch aus Wasserbiotopen wie Pfützen, Wassertonnen und Gießkannen gesammelt. Damit wurden im Klassenzimmer 485 Agarplatten beimpft. Das Projektteam hatte daraus im Labor 446 Flüssigkulturen angelegt, von denen 80 ausgewählt wurden, die als Reinkulturen isoliert wurden. Von 44 dieser Bakterienstämme haben wir das gesamte Genom sequenzieren lassen. 20 davon wurden als besonders interessant befunden, weiter untersucht und bei Stammsammlungen in Japan, Belgien, Frankreich und Deutschland deponiert. Dies ist eine der Vorraussetzungen für eine wissenschaftliche Beschreibung und stellt sicher, dass jeder Wissenschaftler, der mit den Bakterien arbeiten will, diese bestellen kann. Aufgrund dieser Ergebnisse hat das Projektteam 10 wissenschaftliche Artikel geplant. Davon sind 4 bereits in einer internationalen Zeitschrift erschienen. Für jede Klasse gab es einen Fotorückblick über die Aktivitäten der letzten zwei Jahre. Nachdem sich alle am Buffet gestärkt hatten, war noch noch ein kleines Quiz zu lösen und jeder konnte eine kleine Erinnerung an das Projekt und die Universität Innsbruck mit nach Hause nehmen.

Das Projektteam hätten am Anfang nicht gedacht, dass sich das Projekt so erfolgreich entwickeln wird. Deshalb nochmal einen großen Dank an alle, die mitgemacht haben! Danke fürs Probensammeln, Probenbearbeiten, Arbeiten im Labor und Kreieren von Artnamen! Und ein ganz besonderer Dank an die beteiligten Lehrer/innen, ohne deren Mithilfe das Projekt nicht möglich gewesen wäre!

2. Publikation erschienen

Unser zweiter wissenschaftlicher Artikel ist erschienen:
sp. nov., a bacterium with 1.4 Mbp genome size isolated from freshwater habitats located in Salzburg, Austria Int J Syst Evol Microbio 2019;69:3946–3954
Er ist frei verfügbar und kann hier heruntergeladen werden.
Die Bakterienstämme, die wir in der Beschreibung verwendet haben, stammen aus Wasserproben von Schülerinnen des BORG Nonntal und einem Lehrer vom BG Nonntal. An den Charakterisierungen haben die Praktikant/innen vom Sommer 2018 mitgearbeitet, allen hier nochmal herzlichen Dank. Alle Beteiligten sind in der Danksagung erwähnt:
Acknowledgements_Rhodoluna