2. Workshop am BRG Schloss Wagrein

Am 23. November waren wir (Alexandra, Johanna und Stefan) zum zweiten Mal am BRG Schloss Wagrein zu Gast. Diesmal klappte die Anreise reibungslos und wir machten es uns noch für eine Weile vor dem Biosaal gemütlich.
Dann ging es endlich los. Zuerst gab es eine Einführung zum Thema Bakterien, was sie sind und ihre Bedeutung für die Umwelt und für uns. Die Schüler/innen wussten schon eine ganze Menge zum Thema und konnten einiges beitragen. Anschließend wurden zwei Gruppen gebildet und abwechselnd die Agarplatten vom letzten Workshop angeschaut und die mitgebrachten Proben bearbeitet. Bei den meisten Schüler/innen bestätigten sich die Vermutungen zu den Proben vom letzten Workshop. Auf den Agarplatten mit Trinkwasser war einiges an Bakterienkolonien zu entdecken. Das hat so schon seine Richtigkeit, im Trinkwasser sind Bakterien und dürfen da auch sein. Nachdem die Schüler/innen im Vortrag erfahren hatten, dass jeder von uns ca. 1,5 kg Bakterien mit sich herumträgt, ist das auch nicht weiter erstaunlich. Auf Agarplatten, auf die Desinfektionsmittel aufgetragen wurde, waren dagegen kaum Bakterienkolonien zu entdecken. Wir hatten auch Agarplatten offen im Klassenzimmer ausgelegt, da gab es einige Schimmelkolonien und schön gefärbte Kolonien von Luftkeimen zu bewundern. Das Bearbeiten der mitgebrachten Wasserproben ging dann dank der Übung im ersten Workshop recht gut. Wir sind gespannt, was auf den Agarplatten wachsen wird. Hier im Blog gibt es bald Neuigkeiten dazu. Wir freuen uns auf ein Wiedersehen mit der Klasse im nächsten Jahr 🙂 .

2. Workshop am BORG Nonnal

Am 16. November waren wir (Alexandra, Johanna und Stefan) wieder am BORG Nonntal bei der 6c zu Gast. Zuerst einmal gab es einen Vortrag über Bakterien und ihre Bedeutung für die Ökosysteme und für uns. Die Schüler/innen wussten schon eine ganze Menge zum Thema, das hat uns sehr gefreut. Wir konnten hoffentlich zeigen, welche enorme Vielfalt in der Welt der Bakterien existiert und dass die uns umgebenden Pflanzen und Tiere nur einen sehr kleinen Teil der Lebeswesen auf der Erde darstellen.
Gemeinsam haben wir uns dann die Agarplatten vom ersten Workshop angeschaut. Die Schüler/innen hatten ja eine Flüssigkeit, in der sie viele Bakterien vermuten und eine mit wenig auf Agarplatten ausgestrichen. Da gab es erstaunliche Entdeckungen. Auf mehreren Agarplatten mit frisch abgekochtem Wasser konnten wir keine Bakterienkolonien entdecken. Dafür waren auf Platten mit destilliertem Wasser, das schon länger geöffnet aufbewahrt wurde, einiges an Bakterienkolonien gewachsen. Aus Wodka konnten wir auf unseren Platten nichts kultivieren. Der ‚Handyabklatsch‘ ging etwas schief (Platten nie ohne Parafilm aufbewahren 😉 ), aber Bakterien sind wohl auf den Handys reichlich vorhanden, das konnten wir feststellen. Wir hatten im 1. Workshop auch ein paar Agarplatten einige Minuten geöffnet im Klassenzimmer ausgelegt. Dort konnte man schön gefärbte Kolonien von Luftkeimen und einige Schimmelkolonien bewundern.
Dann kamen wir zum wichtigsten Teil, dem Filtrieren und Ausstreichen der mitgebrachten Wasserproben. Das ging nun wirklich sehr gut, da hatte sich die Übung aus dem vorherigen Workshop bezahlt gemacht. Wir sind sehr gespannt darauf, was auf den Platten so wächst. Die ausgewählten Gewässer sehen auf alle Fälle sehr interessant aus.
Wir freuen uns schon auf das nächste Treffen mit dieser tollen Klasse vom BORG Nonntal 🙂

1. Workshop am BRG Schloss Wagrein

Am 9. November waren wir (Alexandra, Johanna, Ulli und Stefan) zu Besuch am BRG Schloss Wagrein. Da die dortige Klasse 5b recht gross ist, hatte uns Ulli, die auch im letzten Projekt bei den Workshops dabei war, begleitet. Nachdem wir Vöcklabruck etwas unfreiwillig mit dem Auto erkundet hatten, kamen wir gerade noch rechtzeitig in der Schule an. Der Workshop mit der sehr netten Klasse fand im Biologiesaal statt, da gab es einige lebende Tiere zu bestaunen. Zuerst gab es wieder eine theoretische Einführung und dann wurden die mitgebrachten Proben bearbeitet. Auf Agarplatten wurden Proben ausgestrichen, in denen Bakterien zu erwarten sind und solche, in denen sich eher weniger Bakterien befinden sollten. Dann wurde noch pH Wert und Leitfähigkeit gemessen. Die Schüelr/innen sollten nun genug praktische Erfahrungen gesammelt haben, damit mit den eigentlichen Wasserproben in zwei Wochen alles reibungslos funktioniert. Das Wetter ist ja noch sehr schön und so sollte Gelegenheit sein, ein geeignetes Gewässer auszusuchen. Wir sind schon sehr gespannt auf die Wasserproben und darauf, was auf den Agarplatten so alle gewachsen ist und freuen uns auf den nächsten Workshop.

1. Workshop am BORG Nonntal

Am 7. November haben wir (Alexandra, Johanna und Stefan) uns zu unserem allerersten Workshop im Projekt aufgemacht. Begleitet wurden wir von unserer ‚Instagram Beauftragten‘ Sabrina. Unser Ziel war das BORG Nonntal und die dortige 6. Klasse des naturwissenschaftlichen Zweiges. Zuerst gab es eine Einführung in das Projekt. Dann wurden die mitgebrachten Proben auf Agarplatten ausgestrichen. Jede/r hatte eine Flüssigkeit mitgebracht in der Bakterien vermutet werden und eine mit vermutlich wenigen Bakterien. Das mikrobiologische Arbeiten klappte recht gut, im Umgang mit der Laborpipette waren die Schüler/innen schon geübt. Dann wurde noch der pH Wert und die Leitfähigkeit in den mitgebrachten Proben und weitere Proben gemessen. Die Tatsache, dass Wodka eine sehr geringe Leitfähigkeit hat, rief Erstaunen hervor. Weniger erstaunlich war, dass er sich nach getaner Arbeit sehr gut zum Tische putzen eignet. Jetzt sind wir sehr gespannt, ob sich aus Wodka auf Agarplatte Bakterienkolonien züchten lassen. Sehr spannend wird auch, was sich auf den Agarplatten des Lehrers und der Lehrerin mit einem ‚Handyabklatsch‘ so getan hat. Im nächsten Workshop werden wir es erfahren. Die Schüler/innen bekamen ausserdem die Aufgabe aus einem selbstgewählten Gewässer eine Probe mitzubringen. Die werden wir dann im nächsten Workshop bearbeiten. Wir hoffen, dass möglichst unterschiedliche Gewässer beprobt werden und vor allem, dass das Datenblatt dazu gewissenhaft ausgefüllt wird. Die Daten brauchen wir nämlich, damit wir die aus den Proben gezüchteten Bakterienstämme auch wirklich für unsere Forschung verwenden können. Am 16. November geht es dann weiter, wir sind auf alle Fälle schon gespannt.

2. Projekt gestartet

Am 10. Oktober haben wir unser neues Citizen Science Projekt Aquirufa: Biodiversität und Ökologie von Süßwasserbakterien mit einer Kick-off Veranstaltung am Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee gestartet. Die beteiligten Lehrer/innen von den Partnerschulen wurden zunächst mit einem Vortrag über das Projekt informiert. Dann wurde unser Labor besichtigt und unsere Kulturen auf dem Schüttler konnten bewundert werden. Nach einem Rundgang durch das Molekularbiologielabor ging es anschließend in den Kühlraum. Dort sind hunderte (oder tausende?) Bakterienstämme bei minus 80 °C in einem Art Winterschlaf, bis sie von uns oder anderen Wissenschaftlern benötigt und wieder aufgetaut werden. Zum Ausklang gab es eine kleine Stärkung im Seminarraum vor der Kulisse der Drachenwand im Abendlicht. Wir sind schon sehr gespannt auf die Workshops mit den Schulklassen, die im November beginnen werden 🙂 .
Das Team in Mondsee (Alexandra Pitt, Johanna Schmidt, Stefan Lienbacher und Martin Hahn)


Artikel erschienen

Im Juni 2022 ist eine weitere Beschreibung von zwei neuen Arten, die zur Gattung Aquirufa gehören, in der Zeitschrift Archives of Microbiology erschienen: Aquirufa lenticrescens sp. nov. and Aquirufa aurantiipilula sp. nov.: two new species of a lineage of widespread freshwater bacteria
Der Artikel ist frei verfügbar und kann hier als pdf heruntergeladen werden: https://link.springer.com/article/10.1007/s00203-022-02950-6
Mehrere Sommerpraktikant/innen haben daran mitgearbeitet und sind in der Danksagung gewürdigt:
We are grateful to Ingrid Lugstein and Noah Bruckner for their assistance in water sampling and laboratory work. We are also grateful to Jana Mierl and Lea Huemer for assistance in water sampling and data analyses.
Die beschriebenen Bakterienstämme hat Sophia Krausz entdeckt und isoliert. Da sie außerdem in zwei Sommerpraktika intensiv an der Charakterisierung im Labor mitgearbeitet hat, fanden wir, dass sie als Coautorin bei der Veröffentlichung dabei sein muss. Herzlichen Glückwunsch Sophia!


Interessante Entdeckungen

Die beiden Praktikantinnen Jana und Lea waren in ihrem FFG Praktikum im Sommer 2021 sehr fleissig. Sie haben Wasserproben von verschiedenen Gewässern genommen und geschaut, ob sie daraus interessante Bakterien kultivieren können. Dazu haben sie von ihren Kulturen die DNA (Erbsubstanz) isoliert, PCR (das bedeutet das Vervielfältigen der DNA) von einem kleinen Abschnitt der DNA gemacht und die Proben zum Sequenzieren weggeschickt. Die erhaltenen Sequenzdaten haben sie analysiert und dabei festgestellt, dass sie von unserer Lieblingsbakteriengattung 😀 Aquirufa neue Bakterienstämme entdeckt haben. Aber ganz besonders spannend war die Entdeckung von zwei neuen Bakterienarten, die wahrscheinlich auch zwei neue Gattungen sowie Familien repräsentieren. Das hat die Arbeitsgruppe sehr gefreut 🙂 .

FFG Praktikum 2021, 2.WOCHE

Montags nahmen wir Proben am Irrsee, dem Iltisbach und der Zeller Arche, die wir am selben Tag noch auf Agarplatten ausgestrichen haben. Außerdem haben wir die Trübung der Proben mit dem Photometer gemessen. Am Dienstag haben wir Medium gekocht und dann Platten gegossen. Mit Johanna machten wir mit unseren Proben PCR. Mittwochs werteten wir unsere Platten aus und gaben es in das zuvor gemachte Flüssigmedium. Am Donnerstag tropften wir Bakterien von den Wellplatten auf eine Agarplatte und am Freitag machten wir Verdünnungsreihen und strichen sie auf Platten aus. Jana & Lea

FFG Praktikum 2021, 1. Woche

Unser erster Arbeitstag begann mit einer Führung durch das Gebäude und der Einführung in die Laborregeln. Danach durften wir Nährmedium herstellen und es zum autoklavieren vorbereiten. Am Dienstag fuhren wir zum Großen Egelsee um dort Proben zu nehmen. Bei der Heimfahrt nahmen wir auch noch von einem kleinen Tümpel und einem Bach im Wald eine Probe. Wir ermittelten den pH-Wert, die Leitfähigkeit und die Temperaturen der Proben und legten Platten an um später, die darauf wachsenden Kulturen untersuchen zu können. Am Mittwoch suchten wir auf Google Maps die genauen Koordinaten der Probennahmen, um diese dokumentieren zu können. Außerdem gossen wir, aus dem am Vortag gekochten Medium, Platten. Am Donnerstag bereiteten wir das Medium selbstständig zu und auch alltägliche Aufgaben wie Spülen wurden von uns erledigt. (Jana & Lea)

              

The bold and the beautiful

Unter dem Titel Prokaryotic names: the bold and the beautiful (FEMS Microbiology Letters, Volume 367, Issue 17, September 2020, fnaa096, https://doi.org/10.1093/femsle/fnaa096) ist ein Artikel von Aharon Oren erschienen. Darin werden besondere Artnamen für Bakterien gewürdigt. Eine Überrraschung für uns war, dass darin der von den Schülerinnen Eva Schnitzlbaumer, Carina Schiel, Gerhild Bach, Valentina Gruber, Lena Roider, Lena Beitscheck and Sarah Jelovcan vom Bundesrealgymnasium Seekirchen kreierte Artname Aquirufa nivalisilvae als besonders schön und interessant hevorgehoben wird. Das Artepitheton nivalisilvae bezieht sich dabei auf die Herkunft des Stammes aus einem Waldtümpel in Schneegattern. Das hat uns sehr gefreut und wir gratulieren den jungen Forscherinnen ganz herzlich dazu 🙂

6. Artbeschreibung erschienen

Unsere 6. wissenschaftliche Beschreibung diesmal einer neuen Bakteriengattung und Art ist erschienen:

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (2021) Aquiluna borgnonia gen. nov., sp. nov., a member of a Microbacteriaceae lineage of freshwater bacteria with small genome sizes. Int J Syst Evol Microbiol 71:004825 Hier gehts zum Artikel

Aus der Danksagung:

We thank Maximilian Moser for taking and handling the water sample. We also thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs and Oliver Millgrammer for their contributions to the characterization of the strain.

Um das große Engagment der Klasse und ihrer Lehrer vom Bundesoberstufenrealgymnasium (BORG) Nonntal zu würdigen, haben wir die neue Art nach der Schule, nämlich Aquiluna borgnonia benannt.

Sommerpraktikum 2020

Im Juni haben Noah und Sohia bei uns im Forschungsinstitut für Limnologie in Mondsee ein Praktikum gemacht. Hier ist ihr Bericht der ersten Tage:

Woche 1:
Zu Beginn gab es erst mal eine kleine Einführung in die Laborregeln und in die Sicherheits- und Corona-Bestimmungen. Danach durften wir zum ersten Mal zwei große Kolben, mit Stämmen für Biomassegewinnung, animpfen. Nach einer Pause fingen wir an DNA-Proben aus verschiedenen Lagerbehältern zu suchen. Am folgenden Tag verbrachten wir viel Zeit damit, spezielle Medien für die phänotypische Bestimmungen, von 9H-EGSE und 15D-MOB zu machen. Dazu mussten wir auch rechnen(!). Das Resultat war PERFEKTES Salzagar, NO3-Agar und vieles mehr. Den Mittwoch haben wir sofort die frisch autoklavierten Medien in Angriff genommen. Um den Agar wieder flüssig zu machen, benutzten wir die Mikrowelle. Nachdem wir die verflüssigten Medien in den Trockenschrank gestellt haben, um diese abzukühlen, haben wir 3 Liter neues NSY-Flüssigmedium zusammengemischt und in Kolben aufgeteilt. Später haben wir uns auf das Institutsboot begeben, um aus dem See Proben zu holen. Nach einer kurzen und knackigen Einführung in das Ökosystem des Mondsees, haben wir die wichtigen Werte, wie pH, Temperatur, Leitfähigkeit und Sauerstoffsättigung zu den Proben ermittelt. Den Tag darauf haben wir die frischen Proben bearbeitet, Biomasse geerntet und neu angesetzt.
Woche 2:
Zum Beginn der neuen Woche, war Dr. Hahn mit uns auf einer Probennahme zum Löckermoor und auch hier wurden wichtige Werte, wie pH, usw.… gemessen und aufgeschrieben. Danach wurden die Proben im Labor in Wells gefüllt, wo die Bakterien im Laufe der Woche an das sehr nährstoffreiche NSY-Medium gewöhnt werden sollen. Die Platten der Vorwoche wurden untersuchten wir auf rote bis orange-rote Kolonien, ausgewählte Kolonien wurden in Wells übertragen. Der nächste Tag bestand vorerst nur aus alltägliche Laborarbeiten, während wir am Mittwoch wieder damit beschäftigt waren, Wells zu füttern und weitere interessante Kolonien von den Platten in Wells zu übertragen. Donnerstags haben wir angefangen DNA, mithilfe eines Kits zu isolieren. Das hat einen ganzen Vormittag gedauert, der Großteil des Ablaufs war nur Zentrifugieren, abpipettieren usw. Abgeschlossen haben wir die Woche, mit dem Übertragen der schon angewachsenen Kulturen aus den Moor-Wells, auf Platten und dem Überführen neuer Kolonien von den Platten in Wells. Natürlich haben wir das Ganze auch noch dokumentiert. Die ersten 10 Tage haben uns prima gefallen und wir freuen uns schon auf die Kommenden. Einen Tipp, den wir an alle geben könne die auch ein Praktikum machen wollen ist: Geht zeitig ins Bett, man braucht viel Konzentration ;).

5. Artbeschreibung erschienen

Unsere 5. Artbeschreibung ist nun erschienen:

Pitt A., Schmidt J., Koll U., Hahn M.W. (2020) Aquirufa e sp. nov. and sp. nov., isolated from a small creek and classification of as a later heterotypic synonym of

Aus dem Artikel:

We are grateful to Carina Schiel for taking and handling the water sample from the Kirchstaettbach. We thank Anita Hatheuer, Lea Emberger, Dilara Yildirim, Isabella Robl, Amely Sikula, Leonie Kittl, Viktoria Fuchs, and Oliver Millgrammer for their assistance with characterizing the strains. We thank Eva Schnitzlbaumer, Carina Schiel, Gerhild Bach, Valentina Gruber, Lena Roider, Lena Beitscheck, and Sarah Jelovčan for creating the species names, Johanna Poettler for organizational support and Bernhard Schink for advice concerning the nomenclature.

Ganz herzlichen Dank an Carina Schiel für die tolle Wasserprobe aus dem Kirchstättbach! Carina, du musstest lange darauf warten, aber jetzt sind die zwei aus deiner Probe isolierten Bakterienstämme als Arten beschrieben. Ganz besonders freut uns, dass Dank der Namensgeberin Eva Schnitzlbaumer das Bundesrealgymnasium (BRG) Seekirchen im Namen Aquirufa beregesia verewigt ist.