Die ausgewählten Stämme müssen nun im Labor gereinigt werden. Man sagt dazu, man stellt eine Reinkultur her. Dies bedeutet, dass die Kultur nur auf eine einzige Bakterienzelle zurückgeht. Dies erreicht man, indem man die Flüssigkultur unter der sterilen Werkbank schrittweise stark verdünnt und auf Agarplatten ausstreicht. Nun wird eine einzelne Kolonie wieder in flüssiges Medium gegeben. Diese Schritte wiederholt man dreimal. Bei gut wachsenden Bakterien, ist das in ein paar Wochen erledigt, unter Umständen kann das aber Monate dauern. Zum Schluss wird ein Gefrierschutzmittel (Glycerol) zugegeben und der Stamm kann bei -80°C eingefroren werden. Dort kann er über Jahre lagern und wächst nach dem Auftauen nach wenige Tagen wieder. Außerdem wird wie zu Beginn das 16S rRNA Gen (diesmal fast das gesamte) sequenziert. Damit kann überprüft werden, ob es sich immer noch um den gleichen Stamm, wie zu Beginn der Aufreinigung handelt.
Bakterien im Süßwasser Freshwater Bacteria 